Ponente
Descripción
Introducción
El Virus de la Bronquitis Infecciosa Aviar (IBV por sus siglas en inglés) es un coronavirus que provoca enfermedad respiratoria en aves de corral de todas las edades (de Wit & Cook, 2019). Debido a la naturaleza de su genoma (ssRNA+), el IBV presenta una alta tasa de mutación y recombinación, lo que ha resultado en una amplia diversidad genética. Tradicionalmente, su clasificación se basaba en serotipos, principalmente en función de características de la subunidad S1 de la glicoproteína de superficie Spike, que cuenta con tres regiones hipervariables (HVR) (Jackwood & de Wit, 2019). Recientemente, se ha adoptado un sistema de clasificación basado en análisis filogenéticos de la secuencia completa de S1, que ha categorizado al IBV en distintos linajes, distribuidos en 6 genotipos (GI-GVI) en todo el mundo (Valastro et al., 2016).
Con el avance de las técnicas de secuenciación, se han generado secuencias completas que permiten comprender la evolución viral y su distribución global. Sin embargo, en América Latina, son escasas las secuencias completas de IBV reportadas, siendo algunas de ellas de Uruguay (Marandino et al., 2017), Perú (Tataje-Lavanda et al., 2019) y Costa Rica (Villalobos-Agüero, 2021). En particular, en el caso de Colombia, solo se disponía hasta la fecha de secuencias parciales de S1 (Alvarado et al., 2005; Cifuentes-Rincón et al., 2016; Santana-Clavijo et al., 2021).
Objetivo
Caracterizar por primera vez genomas completos de IBV correspondientes a aislamientos obtenidos de aves en Colombia.
Materiales y métodos
Se empleó tecnología de secuenciación Illumina para secuenciar siete aislamientos obtenidos entre 2012 y 2013 de aves con signos clínicos y lesiones compatibles con enfermedad respiratoria en granjas ubicadas en el departamento de Cundinamarca, Colombia. Luego, se procedió al ensamblaje de novo de los genomas, seguido de análisis filogenéticos y de recombinación, utilizando tanto las secuencias de la subunidad S1 como las del genoma completo de cada aislamiento para evaluar su relación evolutiva y la posible existencia de eventos de recombinación.
Resultados y Discusión
Se obtuvieron genomas completos de cuatro aislamientos y genomas parciales de tres, con tamaños que oscilaron entre 24,102 y 27,625 nucleótidos. Seis de estos genomas fueron clasificados en el linaje uno (GI-1) tanto según la subunidad S1 como el genoma completo. El séptimo aislamiento se agrupó con secuencias del genotipo seis (GVI-1) al analizar la subunidad S1, pero al examinar su genoma completo, se agrupó con secuencias de Perú, Uruguay, Italia y China, pertenecientes a los linajes 11 y 16 del genotipo uno (GI-11 y GI-16). De las muestras analizadas, cinco no presentaron evidencia de recombinación en todo su genoma, mientras que las dos restantes exhibieron perfiles que sugieren eventos de recombinación en regiones fuera de la subunidad S1. Específicamente, una de las secuencias reveló un genoma mosaico que se generó a partir de secuencias de linajes previamente identificados en América Latina (GI-16 y GI-11) y un linaje nunca antes reportado fuera de Asia (GVI-1).
Conclusiones
En este estudio, se han presentado por primera vez siete secuencias correspondientes a genomas completos de aislamientos de IBV en Colombia, un aporte significativo para la comprensión de la diversidad genética de este virus en la región. La mayoría de estos genomas están estrechamente relacionados con cepas vacunales comunes. Sin embargo, uno de los hallazgos más destacados es la identificación de una secuencia con un perfil recombinante entre linajes previamente aislados en América Latina (GI-16 y GI-11) y un linaje hasta ahora no identificado fuera de Asia (GVI-1). Estos resultados subrayan la importancia de continuar investigando y generando secuencias completas para una mejor comprensión de la evolución de los virus circulantes en la región y a nivel global.
