Ponente
Descripción
Antecedentes
El Virus de la Inmunodeficiencia Humana (VIH) fue aislado e identificado como agente etiológico del Síndrome de Inmunodeficiencia Adquirida (SIDA) en 1983 [1]. A cuatro décadas de su descubrimiento, existen aproximadamente 39 millones de personas viviendo con VIH en el mundo, de las cuales 2,3 millones se encuentran en América del Sur y el Caribe [2]. Se estima que en Uruguay existen actualmente 15.000 personas viviendo con VIH [3].
La prevalencia y distribución geográfica de los subtipos y formas recombinantes del VIH varía en todo el mundo. En el continente americano el subtipo B es predominante, pero la co-circulación de los subtipos B y C, y del sub-subtipo F1 en América del Sur ha dado lugar a numerosas formas recombinantes BC y BF [4]. En Uruguay, hasta 2011 predominaban los recombinantes BF1 (50,9%), entre los cuales se destacaban 12_BF y 38_BF1. Le seguían en prevalencia los linajes B (45,6%), F1 (1,2%), C (1,2%), A1 (0,6%) y D (0,6%) (4). No se cuenta con información actualizada sobre los linajes que circulan en nuestro país y su prevalencia [5].
Objetivos
Objetivo General
Caracterizar la dinámica de la epidemia del VIH-1 en Uruguay a nivel molecular.
Objetivos Específicos
1. Identificar los linajes circulantes del VIH-1 en Uruguay en el período 2007-2021.
2. Determinar la prevalencia y la distribución de los diferentes linajes del VIH-1 en el territorio nacional.
Materiales y Métodos
Aspectos éticos. Este trabajo forma parte del proyecto “Vigilancia genómica del Virus de la Inmunodeficiencia Humana Tipo 1 (VIH-1) en Uruguay”, financiado por la Comisión Sectorial de Investigación Científica (CSIC) y aprobado por el Comité de Ética del Centro Universitario Regional Litoral Norte de la Universidad de la República (Exp. Nº 311170-500476-21).
Conjunto de secuencias de VIH-1 de Uruguay. El Departamento de Laboratorios de Salud Pública (DLSP) proporcionó 1622 secuencias genéticas de VIH-1 obtenidas a partir de muestras de sangre recolectadas en el período comprendido entre 2007 y parte del 2022. La extracción de ARN, amplificación por RT-PCR/Nested y la secuenciación mediante el método de Sanger fueron realizadas a partir de protocolos previamente descritos, obteniéndose un fragmento de aproximadamente 1300 nucleótidos (nt) que codifica los 99 aminoácidos de la PR y los primeros 246 aminoácidos de la región RT [6].
Caracterización de linajes y análisis de recombinación. Las secuencias fueron analizadas mediante tres herramientas de asignación de linaje online: RIP [7], Genome Detective [8] y COMET [9]. Los alineamientos se realizaron usando MAFFT [10] y la edición se realizó mediante AliView [11]. Los árboles filogenéticos fueron inferidos mediante IQ-TREE [12]. En aquellos casos en los que no fue posible asignar un linaje mediante análisis filogenético, se realizaron análisis de recombinación utilizando la herramienta jpHMM-HIV [13] y el método bootscaning implementado en el paquete Simplot [14].
Análisis de la prevalencia y distribución de los diferentes linajes del VIH-1 en Uruguay. Se realizó un análisis de la distribución de los linajes de VIH-1 identificados en Uruguay entre los años 2007 y 2021. Para ello, definimos cinco regiones geográficas (Centro, Este, Noreste, Oeste y Zona Metropolitana), considerando la influencia de países vecinos en nuestro territorio y los desplazamientos internos de personas.
Resultados y Discusión
En este trabajo se realizó la caracterización de 1308 secuencias genéticas. Los análisis filogenéticos sugieren que al menos 17 variantes de VIH-1 han circulado en la población Uruguaya. Estas variantes incluyen los subtipos B y C, los sub-subtipos A1 y F1, y varias formas recombinantes circulantes (FRCs), como 01_AE, 12_BF1, 17_BF1, 19_cpx, 20_BG, 24_BG, 28/29_BF1 (cuya distinción no fue posible utilizando la región genómica analizada en este trabajo), 31_BC, 38_BF1, 41_CD, 46_BF1 y 60_BC.
Asimismo, los análisis filogenéticos revelaron la existencia de 111 secuencias uruguayas que no agruparon con ninguna referencia de subtipo o FRC de VIH-1 conocida.
Con el objetivo de profundizar en el análisis de estas secuencias, se realizaron nuevas inferencias filogenéticas, en las cuales se evidenció que 107 de las 111 conforman un único clado altamente apoyado (aLRT>0.90) de secuencias recombinantes BF1, al que denominamos “BF1.UY”. Todas ellas comparten un punto de recombinación ubicado en la posición 2519 ± 140 en relación a la secuencia de referencia HXB2.
En términos de prevalencia, nuestros resultados indican que entre 2007 y 2021, el subtipo B fue el linaje de VIH-1 prevalente en Uruguay (39.2% de las secuencias analizadas), seguido por el recombinante 12_BF (27.7%), el recombinante de origen uruguayo 38_BF1 [15] (12.8%) y el clado BF1.UY (8.3%). Se observa una alta prevalencia del subtipo B en todas las regiones de Uruguay, con excepción de la región Oeste, que colinda con Argentina, donde es prevalente el recombinante 12_BF, linaje más frecuente en el país vecino. En la región Noreste, que limita con Brasil, se evidencia la presencia del subtipo C y la forma recombinante 31_BC. Estos linajes son prevalentes en el sur de Brasil, tal como se ha documentado en estudios previos [16]. En la región Centro de Uruguay, se observa la circulación de los subtipos B y C, así como de los recombinantes 12_BF1, 38_BF1 y BF1.UY. Una limitación importante en esta región es la disponibilidad de secuencias para el análisis (n=6), lo cual probablemente afecta la representatividad de los resultados. Finalmente, mientras que en la Zona Metropolitana el subtipo B es el linaje prevalente, en la región Este el subtipo B y el recombinante 12_BF1 alcanzan la misma prevalencia. Asimismo, en ambas regiones se observa una importante circulación de diferentes formas recombinantes B/F1 y, en menor medida, recombinantes B/C y B/G. La diversidad de linajes de VIH-1 encontrada en la región Este, puede atribuirse a que la misma es un destino turístico sumamente popular durante los meses de verano, mientras que la diversidad encontrada en la Zona Metropolitana probablemente sea el producto del intenso movimiento de personas a nivel interno, así como de la llegada de turistas y uruguayos del exterior.
Por otro lado, las cepas del clado BF1.UY muestran una amplia diseminación geográfica y temporal. Estos resultados indican que el clado BF1.UY ha logrado establecerse y persistir en el país a lo largo de un período prolongado.
