Ponente
Descripción
El presente proyecto apuntó al análisis de dos secuencias mitogenómicas completas (M1_SMS y M1_YGC) pertenecientes al haplogrupo M, con la particularidad de que en nuestro país es la primera vez que se obtiene mitogenomas completos para este haplogrupo y que aún no habían sido analizadas. El interés por estudiarlas radica en que este haplogrupo es sumamente raro en América en general y Uruguay en particular. Además de caracterizar las muestras obtenidas para el haplogrupo M también se estimó su relación con otras poblaciones. Ambas muestras de ADN fueron extraídas y secuenciadas en trabajos anteriores por parte de la Dra. Mónica Sans y el Dr. Gonzalo Figueiro.
Dichas muestras pertenecen subhaplogrupo M1, las cuales fueron clasificadas teniendo en cuenta las regiones hipervariables I y II. Dicho subhaplogrupo M1 se encuentra con alta frecuencia en norte y noreste de África, especialmente en Etiopía y en frecuencias bajas en la costa mediterránea, en particular en la Península Ibérica y en Medio Oriente (Schwab, 2019). Según González et al (2007) M1 se caracteriza por la transversión 12950 C, cuatro transiciones en la región codificante (6446,6680,12403, 14110) y cinco transiciones en la región no codificante (195,16129, 16189, 16249, 16311).
En América se encuentran con mayor frecuencia los haplogrupos A, B, C, D, los cales se consideran haplogrupos fundadores y son derivados de los super-haplogrupos N y M (Schwab, 2019).
Como antecedente, el primer trabajo que analizó muestras pertenecientes al haplogrupo M fue el análisis de las muestras extraídas de los yacimientos de China Lake, Columbia Británica, fechadas en 4950 +/- 170 14C (antigüedad de 5000 años) por parte de Malhi et al. (2007). En sus resultados se evidencia que ambos individuos pertenecen al haplogrupo M y a su vez se descarta que pertenezcan a los derivados C y D. Además, también realizan el estudio para los subhaplogrupos M7, M8 y M9 determinando que las muestras no pertenecen a ninguno de estos. Este trabajo significo el primer aporte en poblaciones indígenas vivas o antiguas de dicho haplogrupo planteando una mayor variabilidad genética en cuanto a los pobladores americanos.
Acercándonos a la región de nuestro país y referente a muestras contemporáneas, el estudio realizado por Schwab (2019) analiza muestras de Santiago del Estero y San Miguel de Tucumán. Las muestras en el mismo pertenecen a pacientes de centros de salud de la zona, mayores de edad y no emparentados. Como resultado se logró identificar que una de las muestras pertenece al subhaplogrupo G2 y dos de ellas se asignan al subhaplogrupo M1 (M1a1i y M1b1a). Los autores mencionan que el clado M1a es frecuente en el este de África, pero también fue encontrado en países del mediterráneo como España, Italia y Grecia y que además gran parte de judíos son pertenecientes a M1 (González et al, 2007). De todos los mencionados orígenes geográficos la población uruguaya recibió y recibe aportes genéticos.
Utilizando el programa GeneDoc versión 2.7.000. (Nicholas y Nicholas, 1997) se alinearon y editaron las secuencias contrastándolas con la secuencia de referencia de Cambridge (Anderson et al 1980 revisada por Andrews et al 1999). Con esto se observó variantes diagnósticas tanto para el subhaplogrupo M1 como para subhaplotipos dentro de este. Tomando en cuenta las variables observadas se generó un archivo compatible con HaploGrep 2 (Weissensteiner et al., 2016) para poder obtener una confirmación del haplogrupo al cual pertenecen las muestras y profundizar en subhaplogurpos probables.
Una vez caracterizadas se estimó la relación de afinidad de las muestras del proyecto con otras de diversos orígenes geográficos utilizando el software networks 10.2.0.0 y elaborando un median -joining networks (Bandelt et al., 1999). Para ello se utilizó la información registrada en una base de datos confeccionada a partir de variantes a nivel de mitogenoma completo pertenecientes a la población uruguaya junto con datos de muestras de diversos orígenes. Se utilizaron entonces 43 muestras (mitogenomas completos) incluyendo las dos muestras en la población uruguaya. Dichas muestras pertenecen al haplogrupo M, específicamente M1 y teniendo en cuenta los resultados de HaploGrep se buscó tener muestras de individuos M1a3, M1a3a.
Como parte de los resultados se confirmó que las muestras pertenecen al subhaplogrupo M1 y se determina que ambas pertenecen al subhaplotipo M1a3a. El análisis de las muestras también arroja que tanto M1_SMS como M1_YGC tienen una mutación en la posición 14952C marcada como “mutación privada global”, las cuales serían propias de ellos, y no se las habría relacionado con el haplogrupo, y que además no se encuentra registrada al momento del análisis en Phylotree (Kloss-Brandstätter, 2010) Además, M1_YGC suma una “mutación privada local” en la posición 14527G, para la cual no se encuentran otras muestras que la tengan en la base de datos utilizada.
En cuanto al median -joining networks se apreció un taxón perteneciente a M1a3a en donde se agrupan ocho individuos incluyéndose a M1_SMS. De estos individuos, M1_SMS, EF177443.1, MG665387.1, MG670110.1, MG709055 presentan la mutación diagnóstica 6473T para el subhaplogrupo y agregan la variante 14952C. Las restantes tres muestras que completan el taxón (EF060341.1, EF060342.1, JX153011.1.) solo tienen la mutación diagnóstica 6473T. También se apreció que del núcleo del taxón formado tres muestras se separan entre ellos M1_YCG gracias a la mutación particular 14527C.
A partir de los resultados se generó un árbol filogenético con las muestras uruguayas para el haplogrupo M1 representando el taxón formado resultando que las muestras uruguayas quedan separadas a razón de las variantes que cada una presenta. El mayor grado de diferenciación lo presenta M1_YCG que presenta la variante diagnóstica 6473T + 14952G + 14527G.
La otra muestra uruguaya, M1_SMS, quedó agrupada con cuatro muestras EF177443.1, MG665387.1, MG670110.1, MG709055 lo cual es interesante ya que las dichas muestras tienen origen portugués, lo cual es coherente con el poblamiento histórico del Uruguay.
